Sebastián de Miranda, por razones de nacimiento, al sospecharse que era mestizo de guanche, pertenecía a la categoría social de los blancos de orilla, considerada inferior a los blancos españoles y a los criollos. Se sabe que el Cabildo de Caracas le acusó de «mulato, mercader, aventurero e indigno por muchos antecedentes de desempeñar puesto de categoría». No es de extrañar que, alcanzada cierta holgura económica, tratara de demostrar en juicio que sus orígenes eran «puros» para así poder obtener mayores privilegios sociales.
En Caracas se estableció como comerciante de lienzos y, con el tiempo, contrajo matrimonio el 24 de abril de 1749 en laIglesia Catedral con la caraqueña Francisca Antonia Rodríguez de Espinosa, también de origen canario y necesariamente blanca; de lo contrario, la boda no hubiera aparecido en el registro de matrimonios y sus hijos jamás hubieran podido ir a laUniversidad. El primogénito de nueve hijos e hijas del matrimonio, Sebastián Francisco de Miranda nació el 28 de marzode 1750 en Caracas. Sus hermanos se llamaron Ana Antonia, Rosa Agustina, Micaela Antonia, Miguel Francisco, Javier, Francisco Antonio, Ignacio José, Josefa María y Josefa Antonia.
El 5 de abril de 1750 fue bautizado en la Iglesia Catedral por el maestro Juan de Rada, siendo su padrino el bachillerTomás Bautista de Melo. El 27 de diciembre del mismo año le fue administrado el sacramento de la confirmación por elobispo de Caracas, Manuel Machado y Luna. En sus inicios, la familia Miranda era económicamente modesta y vivía dentro del grupo socialmente discriminado de colonos canarios o blancos de orilla llegados a Caracas que, en costumbres, trato y nivel, formaban un núcleo aparte de los blancos criollos o mantuanos, los blancos españoles y los pardos.
Con el tiempo, la situación de la familia mejoró notablemente y, Sebastián de Miranda logró hacer fortuna como comerciante en Caracas, llegando a ser propietario de diversos inmuebles en la ciudad. Ya en aquellos tiempos existían roces y conflictos sociales que empezaron a crear un problema de gobernabilidad para las autoridades coloniales, que además tenían que aliviar las secuelas negativas de la presencia de la Real Compañía Guipuzcoana que monopolizaba las transacciones comerciales en la provincia de Venezuela.
En La Orotava, la familia Miranda era considerada gente distinguida e ilustre, a diferencia de Caracas. Buscaban pues allí posición social similar rehaciendo su fortuna mediante el trabajo, y/o llegando a obtener títulos académicos en laUniversidad. Así, su padre logró además de hacer fortuna, ser nombrado Capitán del Batallón de Milicias de Blancos de Caracas pero por ser nativo de las Islas Canarias (i.e., "isleño") y comerciante, su nombramiento produjo un fuerte rechazo del estamento social conocido como mantuano, sociedad compuesta de blancos criollos, descendientes de españoles, pero nacidos cual Sebastián Francisco en territorio americano, reflejo todo ello de conflictos sociales y raciales latentes y una de las causas de la Independencia. Había cierta dosis de desprecio de los mantuanos hacia su padre por ser un comerciante, ocupación que a sus ojos lo inhabilitaba para ser Capitán de Milicias.
Así, el 10 de enero de 1762, Miranda comenzó sus estudios en la Universidad de Caracas bajo la regencia del Dr. Antonio Monserrate, y durante dos años estudió latín, los inicios de la Gramática de Nebrija y elCatecismo de Ripalda.
Desde el año 1764 hasta 1766, Miranda cursó estudios en la Clase de Mayores de la misma Universidad, donde profundiza sus conocimientos de latín mediante el estudio de los escritos clásicos de Cicerón y Virgilio, completa sus estudios de la Gramática de Nebrija, nociones de historiasagrada y profana, religión, aritmética y geografía.
Finalmente, realizó el curso de Artes en la Universidad de Caracasestudiando las materias de Lógica, Física y Metafísica para obtener el título de Bachiller con el que se iniciaba estudios en Teología, Jurisprudencia o Medicina. No se sabe de forma fidedigna si Miranda llegó a obtener el título de Médico y sólo se cuenta con su testimonio personal afirmando haberlo recibido en1767, con 17 años pues, si es que nació en 1750, lo que no parece muy coherente.
Por testimonio personal de Miranda se sabe que algunos de sus maestros fueron los Doctores Domingo Velázquez,Francisco José de Urbina y Gabriel Lindo; todos ellos notables expertos en sus especialidades y con los que sin duda la educación básica de Miranda debió ser de una calidad notable.
Sin embargo, a partir de 1767 se da una interrupción en los estudios de Miranda que posiblemente se vieron afectados por las circunstancias vividas por su padre. Al ser nombrado Capitán de las Milicias de Blancos de Caracas siendo comerciante isleño era algo que incomodaba a los Mantuanos, pues había alcanzado una distinción social importante, al convertirse en un personaje de cierta influencia. Parece como si, éstos empezaron a crear intrigas para desacreditarle y anularlo en la vida pública.
Esto desencadenó una serie de circunstancias en las que después de una sentencia real, el padre de Francisco obtuvo la victoria y sus derechos le fueron reconocidos pero le crearon una enemistad irreconciliable con los Mantuanos que nunca olvidaron el conflicto ni le perdonaron el desafío, lo que influyó inevitablemente en las decisiones posteriores de Miranda.
Después de la victoria judicial de su padre, las dificultades para desarrollar planes futuros en una sociedad tan limitada como la caraqueña influyeron en que decidiera, con poco más de 20 años, marcharse a España. Embarcó pues el 25 de enero de 1771, desde el puerto de La Guaira, en una fragata sueca denominada Príncipe Federico, para servir en el Real Ejército español.